Ο Όσιος Θεόφιλος γεννήθηκε στη Ζίχνη της Μακεδονίας περί το 1460 μ.Χ. από γονείς φιλόθεους, φιλάγαθους και φιλάρετους.
Στην πατρίδα του έμαθε τα πρώτα γράμματα κι έδειξε πως τα αγαπούσε ιδιαίτερα και πρόκοπτε και προόδευε μελετώντας και εντρυφώντας στις ιερές γραφές. Μάλιστα επιδόθηκε στην καλλιγραφία και έγινε άριστος καλλιγράφος.
«Απαρνηθείς πατρίδα και συγγένειαν και πλούτον και πάσαν κοσμική ματαιότητα, έγινε μοναχός· μετ’ ολίγον δε καιρόν έλαβε και το αξίωμα της ιερωσύνης· έκτοτε δε περιεπάτει εις διαφόρους τόπους διδάσκων και ωφελών τους Χριστιανούς δια του λόγου και του παραδείγματος της εαυτού ζωής». Κατόπιν γνωρίσθηκε και συνδέθηκε πνευματικά με τον ενάρετο κι ευλαβή επίσκοπο Ρενδίνης Ακάκιο, τον όποιο είχε χειροτονήσει αρχιερέα ο άγιος Νήφων (11 Αυγούστου), όταν ήταν μητροπολίτης Θεσσαλονίκης (1482-1486 μ.Χ.). Δια του Ακακίου συνδέθηκε με τον άγιο Νήφωνα και ο άγιος Θεόφιλος.
Αξίζει σύντομα και παρενθετικά να σημειώσουμε πως η μεγάλη μορφή του αγίου Νήφωνος, εκτός των δύο οσιομαρτύρων μαθητών του Μακαρίου (+1507) και Ιωάσαφ (+1516) που αναφέραμε και του εδώ αγίου Θεοφίλου, συνδεόταν και με άλλες μορφές Αγιορειτών αγίων, όπως των οσιομαρτύρων Γέροντος Ιακώβου, Ιακώβου διακόνου και Διονυσίου μοναχού (+1519), που συμμαρτύρησαν στην Αδριανούπολη, Θεωνά μητροπολίτου Θεσσαλονίκης (+1541-2), των αυταδέλφων Αψαράδων Θεοφάνους (+1544) και Νεκταρίου (+1550) κτιτόρων της ιεράς μονης Βαρλαάμ Μετεώρων και Μαξίμου του Γραικού και Βατοπαιδινού (+1556).
Ο άγιος Νήφων, ως πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, κατόπιν επιστολών που έλαβε, εμπιστευόμενος τον Θεόφιλο για τη σοφία και την αρετή του, τον έστειλε το 1486 μ.Χ. με τον ομόφρονα Γέροντά του επίσκοπο Ακάκιο στην Αίγυπτο, για να διαπιστώσουν τα γενόμενα θαύματα υπό του μακαρίου πατριάρχου Αλεξανδρείας Ιωακείμ, ότι μετακίνησε δια προσευχής το όρος Ντουρ Νταγ και ήπιε φαρμάκι δίχως να πάθει κανένα κακό, ύστερα από πρόκληση Ιουδαίων και μουσουλμάνων. Ο πατριάρχης Ιωακείμ «τον Όσιον πολλά ηγάπησε και ηυλαβήθη ως σοφόν και ενάρετον». Διαπίστωσαν τα υπερφυή αυτά θαύματα ως αληθινά γεγονότα και αναχώρησαν για το θεοβάδιστο όρος Σινά, τα Ιεροσόλυμα και την Δαμασκό. Στα Ιεροσόλυμα ο επίσκοπος Ακάκιος ανεπαύθη κατόπιν ασθενείας και τον εκήδευσε ο Θεόφιλος. Με επιστολές από τους πατριάρχες Αλεξανδρείας, Ιεροσολύμων και Αντιοχείας μετέβη στην Κωνσταντινούπολη ο Θεόφιλος. Ο άγιος Νήφων όμως είχε εκθρονισθεί και παρέδωσε τις επιστολές στον διάδοχό του Παχώμιο, που ήταν από την ιδιαίτερη πατρίδα του.
Ο πατριάρχης Παχώμιος «εχάρη μεγάλως ως συμπατριώτης, και ευλογήσας αυτόν και ευχηθείς, παρεκάλεσεν, ίνα μείνη εις το Πατριαρχείον δια βοήθειαν, ως λίαν χρήσιμος δια την σοφίαν αυτού και την αρετήν. Υπακούσας δε κατά την ώραν εις την παράκλησιν του πατριάρχου ο Όσιος έμεινεν. Όθεν και διωρίσθη Νοτάριος και Έξαρχος της Μεγάλης Εκκλησίας, και έμεινεν εκεί ικανόν καιρόν εις αυτό το διακόνημα, αγαπώμενος και τιμώμενος υπό πάντων».
Αλλά η φιλέρημη και φιλήσυχη ψυχή του δεν αναπαυόταν στις τιμές και τις δόξες. Κατεφρόνησε τα μεγαλεία και ήλθε στο Άγιον Όρος, για να απολαύσει τα μεγαλεία του Θεού. Στον ιερό και ευλογημένο Άθωνα «πρώτον μετέβη εις την Μονήν του Βατοπεδίου, και κατώκησε μετά του αγιωτάτου Επισκόπου Μεθύμνης, εκεί τότε ευρισκόμενου, και υπετάχθη εις αυτόν μετά πάσης προθυμίας και ταπεινώσεως· αφού δε εκείνος ετελεύτησεν, απήλθεν». Από τη μονή Βατοπαιδίου, όπου δεν γνωρίζουμε τον χρόνο παραμονής του, που δεν νομίζουμε όμως ότι ήταν μικρός, μετέβη το 1511 μ.Χ. στη μονή Ιβήρων, όπου ασχολήθηκε ιδιαίτερα με την αντιγραφή χειρογράφων και την καλλιγραφία. Αναδείχθηκε έμπειρος βιβλιογράφος και αρκετά έργα του, περίπου τριάντα, λειτουργικού κυρίως περιεχομένου, σώζονται στην πλούσια βιβλιοθήκη της μονης Ιβήρων. Η φήμη της αρετής του είχε φθάσει μακριά. Ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Θεόκλητος τον ζητούσε με τρόπο να μεταβεί πλησίον του, με σκοπό να τον χειροτονήσει μητροπολίτη Θεσσαλονίκης. Ο φυγόδοξος Αγιορείτης κατανοώντας τον λόγο της προσκλήσεως, για να αποφύγει την προαγωγή, παραιτήθηκε της ιερωσύνης. Εκάρη μεγαλόσχημος μοναχός, δήλωσε ασθένεια και αδυναμία, και αποσύρθηκε σε καλύβη, κοντά στον ενάρετο Προηγούμενο Διονύσιο Ιβηρίτη στο Κελλί του Τιμίου Προδρόμου, το 1522 μ.Χ., ύστερα από δωδεκαετή παραμονή στη μονή Ιβήρων, κατά ιδιόγραφό του σημείωμα σε κώδικα. Κατόπιν μετέβη σε συνοδεία του επίσης ενάρετου Γέροντος Κυρίλλου στις Καρυές. Εκεί απέκτησε στενό πνευματικό σύνδεσμο με τον φιλόθεο Πρώτο του Αγίου Όρους Σεραφείμ, τον λάτρη και υμνητή της Θεοτόκου του Άξιον Έστι, τον μετέπειτα βιογράφο του, που κάποτε υπογράφει· «Ο πρώτος του Αγίου Όρους Σεραφείμ ο θυηπόλος και ηγούμενος των ηγουμένων και πατήρ πατέρων και μέγας πρωτοσύγκελλος πατριαρχικός».
Ο θείος Θεόφιλος επιθυμώντας μεγαλύτερη και ακριβέστερη ησυχία, αναχώρησε και από τις Καρυές. Μετέβη στην πλησιόχωρη ησυχαστική περιοχή της Καψάλας, που ανήκε στη μονή Παντροκράτορος, και με τη συνδρομή του φιλάδελφου Πρώτου Σεραφείμ, παρέλαβε το Κελλί του Αγίου Βασιλείου, το όποιο και ανεκαίνισε. Είχε μαζί του και ένα μοναχό ονομαζόμενο Ισαάκ. Συχνά τον επισκεπτόταν και ο Πρώτος Σεραφείμ ανταλάσσοντας πνευματικές εμπειρίες και νουθεσίες.
Ο φιλόθεος Θεόφιλος πάντοτε, και ιδιαίτερα τώρα, ασκούσε συστηματικά τη νοερά προσευχή. Ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης, ο όποιος αργότερα θα ησκείτο στην δια περιοχή, γράφει: «Αφού ησύχασεν ο Όσιος, τότε δη τότε εμεταχειρίσθη την νοεράν προσευχήν, ήτις είναι ανωτέρα της θεωρίας της έξω φιλοσοφίας… Ο Άγιος Θεόφιλος έχοντας παντοτινόν έργον, εις την ησυχία ευρισκόμενος, να προσεύχεται αδιαλείπτως και να μελετά με όλον του τον νουν και τον ενδιάθετον λόγον τον εν τη καρδία λαλούμενον και με όλην την θέλησιν και αγάπην της ψυχής του, την μονολόγιστον προσευχήν, το «Κύριε Ιησού Χριστέ, Υιέ του Θεού, ελέησόν με», καθώς οι νηπτικοί θείοι Πατέρες διδάσκουσι. Και με την νοεράν ταύτην εργασίαν και ιεράν προσευχήν και με το πένθος και τα δάκρυα καθαρτικά, όπου γεννώνται εκ ταύτης της νοεράς προσευχής, εκαθάρισε την καρδίαν του από τα πάθη και εκατέκαυσε τας προσβολάς των πονηρών λογισμών και ελυτρώθη από τας κακάς προσλήψεις, απόκτησε ταπείνωσιν, πραότητα, ειρήνην και τας λοιπάς αρετάς και άναψεν από θεϊκόν πυρ θεϊκής και του πλησίον αγάπης…
Καταφλεγόμενος από την θείαν αγάπην δεν ήτο πλέον με τον εαυτό του, αλλά με τον ηγαπημένον του Θεόν και άλλο δεν εφαντάζετο παρά μόνο τον Ιησούν… ανέβη εις την θείαν θεωρίαν και επλουτίσθη από τα ύπερφυή χαρίσματα αξιωθείς του θείου φωτισμού· και ού μόνον διάκρισιν απόκτησε και διόρασιν, αλλά και προόρασιν των μελλόντων· και συντόμως ειπείν ως ασώματος έγινεν άγγελος και εις όλα τέλειος ώφθη». Προείδε το τέλος του, έγραψε ομολογία πίστεως, ιδιόχειρη διαθήκη, τέλεσε ευχέλαιο, ζήτησε και έδωσε συγχώρηση από όλους και σε όλους, μετάλαβε των Αχράντων Μυστηρίων, ευχαρίστησε ολόψυχα και ολόθερμα τον Θεό.