Ο Οσιότατος Αρσένιος ο Καππαδόκης γεννήθηκε γύρω στα 1840 μ.Χ. στα Φάρασα ή Βαρασιό, στο Κεφαλοχώρι των έξι Χριστιανικών χωριών της περιφερείας Φαράσων της Καππαδοκίας. Οι γονείς του ήταν πλούσιοι σε αρετές και μέτριοι σε αγαθά. Είχαν αποκτήσει δύο αγόρια, τον Βλάσιο και τον Θεόδωρο (τον Άγιο Αρσένιο).
Από μικρή ηλικία έμειναν ορφανά και τα προστάτεψε η θεία τους, αδελφή της μητέρας τους. Ένα θαυμαστό γεγονός που συνέβηκε στα παιδιά και την θαυματουργική διάσωση του μικρού τότε Θεόδωρου από τον Άγιο Γεώργιο που τον έσωσε από βέβαιο πνιγμό, είχε ως αποτέλεσμα, για τον μεν Βλάσιο να δοθεί με τον δικό του τρόπο στον Θεό, να τον δοξολογεί ως δάσκαλος της Βυζαντινής Μουσικής και κατέληξε αργότερα στην Κωνσταντινούπολη, για τον Θεόδωρο δε να θέλει να γίνει καλόγερος.
Στη συνέχεια μεγαλώνοντας, στάλθηκε στη Νίγδη και μετά στη Σμύρνη όπου τέλειωσε τις σπουδές του.
Στα είκοσι έξι του περίπου χρόνια πήγε στην Ιερά Μονή Φλαβιανών του Τιμίου Προδρόμου (Ζιντζί-Ντερέ) όπου αργότερα εκάρη Μοναχός και πήρε το όνομα Αρσένιος. Δυστυχώς όμως δε χάρηκε πολύ την ησυχία του, διότι εκείνη την εποχή είχαν ανάγκη μεγάλη από δασκάλους και ο Μητροπολίτης Παΐσιος ο Β’, τον χειροτόνησε Διάκο και τον έστειλε στα Φάρασα για να μάθει γράμματα στα εγκαταλειμμένα παιδιά. Αυτό φυσικά γινόταν στα κρυφά, με χίλιες δυο προφυλάξεις, για να μη μάθουν τίποτε οι Τούρκοι. Στο τριακοστό έτος της ηλικίας του χειροτονήθηκε στην Καισαρεία πρεσβύτερος με τον τίτλο του Αρχιμανδρίτου και την ευλογία ως Πνευματικός.
Άρχισε πια η πνευματική του δράση να γίνεται μεγαλύτερη και να απλώνεται. Με την άφθονη Θεία Χάρη που τον προίκισε ο Θεός θεράπευε τις ψυχές και τα σώματα των πονεμένων ανθρώπων. Είχε πολλή αγάπη στον Θεό και προς την εικόνα Του, τον άνθρωπο και όχι στον εαυτό του, διότι, όταν έβλεπε πολύ πόνο και καταπίεση Τουρκική, η αγάπη τον έβγαζε έξω από τον εαυτό του και έξω από το χωριό του και αγκάλιαζε και τα γύρω χωριά. Θεράπευε αδιάκριτα τον ανθρώπινο πόνο όπου τον συναντούσε σε Χριστιανούς ή Τούρκους. Για τον Άγιο δεν είχε καμιά σημασία, διότι έβλεπε στο πρόσωπό τους, την με πολλή αγάπη πλασθείσα εικόνα του Θεού. Αναρίθμητα είναι τα θαύματα που επετέλεσε ο Άγιος με τη Χάρη του Θεού. Στείρες γυναίκες τεκνοποιούσαν, αφού τις διάβαζε ευχή ή έδιδε «φυλακτό» που ήταν ένα κομμάτι χαρτί γραμμένο με κάποιες ευχές που τις έγραψε ο ίδιος. Διάβαζε το Άγιο Ευαγγέλιο σε σοβαρές περιπτώσεις, όπως στους τυφλούς, βουβούς, χωλούς παραλυτικούς, δαιμονιζομένους και γινόντουσαν καλά, μόλις τελείωνε την ανάγνωση. Πολλοί Χριστιανοί και Τούρκοι είχαν θεραπευθεί, αφού πήραν χώμα από το κατώφλι του κελιού του και αναμιγνύοντάς το με λίγο νερό το έπιναν, πιστεύοντας ότι θα εθεραπεύοντο και η πίστη τους που είχαν στον Άγιο, έκανε το θαύμα. Χρήματα φυσικά δε δεχόταν ποτέ ούτε κι έπιανε στα χέρια του.
Συνήθιζε να λέγει «η πίστη μας δεν πουλιέται».
Βίωνε ολοκληρωτικά και «έπασχε τα Θεία». Ζούσε με αυταπάρνηση, διότι αγαπούσε πολύ πρώτα τον Θεό και μετά την εικόνα Του, τον πλησίον. Αιματηρούς αγώνες και προσπάθειες κατέβαλε για να διατηρήσει τους συγχωριανούς και τους συμπατριώτες του στην πίστη, για να μην κλονιστούν και αλλαξοπιστήσουν στις χαλεπές εκείνες ημέρες και εποχές, από τις πολλές και διάφορες πιέσεις που δεχόντουσαν από τους Τούρκους, αλλά και από διάφορους προβατόσχημους λύκους, τους προτεστάντες, που προσπαθούσαν να ποιμάνουν την ποίμνη του Χριστού.
Το κελί του, μικρό, απέριττο, ευρισκόταν μέσα στον κόσμο. Ζούσε μέσα στον κόσμο, αλλά συγχρόνως κατόρθωνε να ζει και εκτός του κόσμου.