Σαν σήμερα ακριβώς πριν 58 χρόνια συγχωνεύθηκαν οι 3 ομάδες της πόλης (Άρης, Ηρακλής και Εθνικός) δημιουργώντας τον Εδεσσαϊκό.
Χρώματα της νέας ομάδας ορίστηκαν το πράσινο και το λευκό και ως σύμβολο η τρίαινα του θεού Ποσειδώνα. Η ομάδα αμέσως ξέφυγε από τα τοπικά πλαίσια και από το 1961-62 ανέβηκε στη B’ Εθνική. Κατέκτησε δυο φορές το πρωτάθλημα στον όμιλό της, το 1963 και το 1965, αλλά και τις δυο φορές έχασε την άνοδο στην Α΄ Εθνική στους αγώνες κατάταξης. Συνέχισε να αγωνίζεται στη δεύτερη κατηγορία ως το 1975.Μάλιστα, το 1969-70 διεκδίκησε πάλι τον τίτλο του ομίλου μέχρι τέλους αλλά τερμάτισε στην τρίτη θέση. Το 1975 υποβιβάστηκε στη Γ’ Εθνική αλλά δυο χρόνια αργότερα ανέβηκε ξανά στη Β΄. Ως το 1989 ανεβοκατέβαινε στις δυο αυτές κατηγορίες. Όμως, την επόμενη τριετία, στηριγμένος σε μια γενιά ταλαντούχων ποδοσφαιριστών, ο Εδεσσαϊκός είχε μια εντυπωσιακή ανοδική πορεία, που το 1992 τον οδήγησε στην Α’ Εθνική. Με ένα μείγμα έμπειρων και νέων παικτών κατάφερε να γίνει μια από τις ελάχιστες ομάδες της Α΄ Εθνικής που προέρχονται από μικρή ελληνική πόλη. Στην Α’ Εθνική παρέμεινε για πέντε περιόδους από το 1992 ως το 1997.Τις δύο πρώτες πάλεψε για να σωθεί και τερμάτισε στην 14η θέση. Ακολούθησαν δύο πολύ καλές σεζόν τις οποίες τερμάτισε στην 10η και 9η θέση αντίστοιχα. Το 1995 έφτασε ως τα ημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδας, που αποτελεί τη μεγαλύτερη διάκριση της ομάδας στο θεσμό αυτό. Ακολούθησε μια μέτρια χρονιά με οικονομικά προβλήματα και στο τέλος της σεζόν 1996-1997 ο Εδεσσαϊκός αποχαιρέτισε την Α΄ Εθνική, χωρίς να καταφέρει να επανέλθει από τότε. Την επιτυχημένη δεκαετία ακολούθησαν πολύ μέτριες χρονιές με διαδοχικούς υποβιβασμούς. Από την Α’ Εθνική που αγωνιζόταν ο σύλλογος το 1997 βρέθηκε να παίζει στο τοπικό πρωτάθλημα της ΕΠΣ Πέλλας το 2002.Έκτοτε προσπάθησε να ανακάμψει αγωνιζόμενος ως το 2010 στην Δ’ Εθνική. Τις τελευταίες 7 χρονιές αγωνίστηκε στα τοπικά πρωταθλήματα. Την 21 Μαΐου 2017 ο Εδεσσαϊκός αναδείχθηκε πρωταθλητής της Α1 τοπικής κατηγορίας επικρατώντας στον τελικό ανόδου με 1-0.Από την αγωνιστική σεζόν 2017-2018 ο Εδεσσαϊκός θα αγωνίζεται στην Γ Εθνική Κατηγορία, ξεκινώντας το ταξίδι της επιστροφής στα μεγάλα σαλόνια, θυμίζοντάς τις ένδοξες στιγμές του παρελθόντος στα τελευταία χρόνια της δεκαετίας του ’90.Κορυφαία στιγμή για το σύλλογο στην επιτυχημένη δεκαετία του ’90 υπήρξε η κατάκτηση του Βαλκανικού Κυπέλλου Αποτελεί το σημαντικότερο τρόπαιο στην ιστορία του Εδεσσαϊκού αν και ο θεσμός είχε χάσει την παλιά του λάμψη. Η ομάδα συμμετείχε στη διοργάνωση της σεζόν 1992-93 και προκρίθηκε ως τον τελικό. Εκεί αντιμετώπισε τη Βουλγάρικη Εταρ Βέλικο Τίτνοβο. Στο πρώτο ματς ηττήθηκε με 1-0 αλλά στη ρεβάνς στην Έδεσσα υπερίσχυσε με 3-1 κατακτώντας το κύπελλο
Εγχώριες Διακρίσεις
Κύπελλο Ελλάδος
Ημιτελικά (1): 1995
Α’ Εθνική
9η θέση : 1996
Β’ Εθνική
Πρωταθλήτρια (2): 1963,1965
3η θέση-Άνοδος (1): 1992
Γ’ Εθνική
Πρωταθλήτρια (4): 1977,1983,1987,1989
Εθνική Ερασιτεχνική
Πρωταθλήτρια (1): 1982
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Πέλλας
Πρωταθλήτρια (4): 2003,2006,2009,2017
Διεθνείς
Βαλκανικό κύπελλο
Κυπελλούχος (1): 1993
Περίοδος-Κατηγορία-Θέση
1961-1962 Β’ Εθνική (4ος)
1962-1963 Β’ Εθνική (1ος) Έχασε σε μπαράζ ανόδου την άνοδο
1963-1964 Β’ Εθνική (3ος)
1964-1965 Β ‘Εθνική (1ος) Έχασε σε μπαράζ ανόδου την άνοδο
1965-1966 Β’ Εθνική (5ος)
1966-1967 Β’ Εθνική (6ος)
1967-1968 Β’ Εθνική (5ος)
1968-1969 Β’ Εθνική (8ος)
1969-1970 Β’ Εθνική (3ος)
1970-1971 Β’ Εθνική (9ος)
1971-1972 Β’ Έθνική (10ος)
1972-1973 Β’ Εθνική (16ος)
1973-1974 Β’ Εθνική (18ος)
1974-1975 Β’ Εθνική (20ος) Υποβιβασμός
1975-1976 Γ’ Εθνική (3ος)
1976-1977 Γ’ Εθνική (1ος) ‘Ανοδος
1977-1978 Β’ Εθνική (6ος)
1978-1979 Β’ Εθνική (5ος)
1979-1980 Β’ Εθνική (12ος)
1980-1981 Β’ Εθνική (18ος) Υποβιβασμός
1981-1982 Εθνική Ερασιτεχνική (1ος) Άνοδος
1982-1983 Γ’ Εθνική (1ος) Άνοδος
1983-1984 Β’ Εθνική (7ος)
1984-1985 Β’ Εθνική (11ος)
1985-1986 Β’ Εθνική (17ος) Υποβιβασμός
1986-1987 Γ’ Εθνική (2ος) Άνοδος
1987-1988 Β’ Εθνική (15ος) Υποβιβασμός
1988-1989 Γ’ Εθνική (1ος) Άνοδος
1989-1990 Β’ Εθνική (5ος)
1990-1991 Β’ Εθνική (7ος)
1991-1992 Β’ Εθνική (3ος) Άνοδος
1992-1993 Α’ Εθνική (14ος)
1993-1994 Α’ Εθνική (14ος)
1994-1995 Α’ Εθνική (10ος)
1995-1996 Α’ Εθνική (9ος)
1996-1997 Α’ Εθνική (17ος) Υποβιβασμός
1997-1998 Β’ Εθνική (9ος)
1998-1999 Β’ Εθνική (17ος) Υποβιβασμός
1999-2000 Γ’ Εθνική (19ος) Υποβιβασμός
2000-2001 Δ’ Εθνική (3ος)
2001-2002 Δ’ Εθνική (12ος) Υποβιβασμός
2002-2003 Α1 Πέλλας (1ος) Άνοδος
2003-2004 Δ’ Εθνική (5ος)
2004-2005 Δ’ Εθνική (13ος) Υποβιβασμός
2005-2006 Α1 Πέλλας (1ος) Άνοδος
2006-2007 Δ’ Εθνική (4ος)
2007-2008 Δ’ Εθνική (12ος) Υποβιβασμός
2008-2009 Α1 Πέλλας (1ος) Άνοδος
2009-2010 Δ’ Εθνική (14ος) Υποβιβασμός
2010-2011 Α1 Πέλλας (2ος)
2011-2012 Α1 Πέλλας (3ος)
2012-2013 Α1 Πέλλας (5ος)
2013-2014 Α1 Πέλλας (6ος)
2014-2015 Α1 Πέλλας (4ος)
2015-2016 Α1 Πέλλας (2ος)
2016-2017 Α1 Πέλλας (1ος) Άνοδος
2017-2018 Γ’ Εθνική (5ος)
